అయ్యప్ప స్వామి దీక్షను మణిమాలతో ప్రారంభిస్తారు. ఈ దీక్షను మండల కాలం(41 రోజులు) పాటు కొనసాగిస్తారు. ఈ దీక్షలో ఉండే వారు రుద్రాక్ష, తులసి, చందనం, స్పటికం, పగడాలు, తామర పూసల మాలల ధరిస్తారు. ఇవి శారీరక, మానసిక ఆరోగ్యాన్నిస్తాయి. అయితే అయ్యప్ప భక్తులు అయ్యప్ప మాల ధరించి 41 రోజులు నియమ నిష్ఠలతో కఠోరమైన దీక్షతో ప్రత్యేక పూజలు నిర్వహిస్తారు. ఈ నేపథ్యంలో కుటుంబ సభ్యులు లేదా దగ్గర బంధువులు, చాలా దగ్గర స్నేహితులు అనుకోకుండా మరణించినా, అలాగే మన కుటుంబంలో మరెవరైనా రజస్వల అయినప్పుడు మాల తీసివేయాలి.
అయితే అయ్యప్ప మాల అనేది చిన్నపిల్లల నుండి పండు ముసలి వరకు వేయొచ్చు. ఎందుకంటే 41 రోజులు మాల ధారణ చేస్తారు. ప్రతిరోజు ఉదయం నాలుగు గంటలకు లేచి స్నానం ఆచరించాలి. కటిక నేలపైన పడుకోవడం వలన భూమి ఆకర్షణ వల్ల బ్రెయిన్ ఉత్తేజితమవుతాయి. వెన్నుముక సమస్యలు అనేవి తలెత్తకుండా ఉంటున్నాయని తెలియజేశారు. ఆహార పదార్థాలు వండి స్వామివారికి నైవేద్యం పెట్టి తరువాత అయ్యప్ప స్వాములకు పెడతారు. సాధారణంగా అల్లం, వెల్లుల్లి వేసి కూరలు వండుతారు.
కానీ అయ్యప్ప స్వాములకు పెట్టే భోజనంలో ఇవి ఏమీ లేకుండా వండుతారు. ఎందుకంటే ఇవి కామ, క్రోధ, మోహాన్ని పెంచుతాయి. కాబట్టి 41 దినములు అయ్యప్ప స్వాములు ఇవి తినరు. అలాగే అయ్యప్ప స్వాములు భోజనం చేసే సమయంలో అందరూ నేలపైన కూర్చొని భోజనం చేస్తారు. ఇక్కడ రాజు, మంత్రి, పేద, ధనిక, అనే తేడా ఏమీ ఉండదు. అలాగే దీక్ష తీసుకున్న తర్వాత ఉదయం, సాయంత్రం రెండు పూటలా పూజ చేయాలని చెప్పారు. శక్తి మేరకు అన్ని పూజలు చేసుకోవచ్చని చెబుతున్నారు.
మూడు దేవతామూర్తులు అంటే గణపతి, సుబ్రహ్మణ్యం, అయ్యప్ప స్వామి సమేతంగా ముగ్గురికి పూజలు నిర్వహించాలని. ఈ మూడు మూర్తులకు నిత్యం ధూపదీప నైవేద్యాలు ఉండాలని అంటున్నారు. బాగా చదువుకున్న వారు షోడశోపచార పూజలు కూడా నిర్వహించుకోవచ్చని, అయితే ఏమీ తెలియని వారు మాత్రం కేవలం శరణుఘోష చెప్పుకుని స్వామికి హారతి ఇచ్చుకోవాలని అన్నారు.